1. 陽性結果只說明致敏

血清過敏原特異性IgE檢測陽性只說明患者對該過敏原已經致敏，而致敏是否會出現臨床癥狀，即是否表現出過敏反應還與患者的免疫狀態、是否合并其他疾病以及是否應用影響免疫功能的藥物有關。免疫功能平衡的致敏者可以不發病，有些患者可能多年過敏原檢測陽性但沒有臨床癥狀。

2. 陽性結果不是現有疾病的原因

還有一種常見的情況是，檢測出的陽性過敏原與現有疾病沒有直接關系，而是過去致敏的過敏原。

3. 交叉反應

是由于某些過敏原具有相似的結構或化學基團，在淋巴細胞識別過敏原時，會誤把未致敏的過敏原當作與其結構類似的已致敏過敏原，從而發生反應。比如，花粉、橡膠與植物性食物均是植物來源，他們之間會有交叉反應，對樺樹花粉過敏的患者，對胡蘿卜等食物也可以出現過敏反應。

4. 交叉反應糖類抗原決定簇

交叉反應糖類抗原決定簇（cross-reacting carbohydrate determinant, CCD）是造成血清過敏原檢測假陽性的重要原因。研究發現，某些過敏患者體內含有類似結構的糖類分子，可以產生與過敏原結構類似的特異性IgE抗體，在檢測過敏原時顯示陽性反應。但是，CCD并不像真正的過敏原那樣使結合在肥大細胞表面的兩個相應的IgE分子形成交聯，因此不能使肥大細胞脫顆粒，不產生臨床癥狀。